Międzywydziałowy Instytut Bioetyki Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie (MIB) powstał z inicjatywy ks. prof. Krzysztofa Szczygła (1929–2010). Został powołany przez Senat Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (PAT) w 1988 r.

Utworzony wówczas przy Wydziale Teologicznym PAT ośrodek stanowił kontynuację aktywności naukowej dr. Krzysztofa Szczygła, który jeszcze przed przyjęciem święceń kapłańskich, jako docent medycyny prowadził wykłady z medycyny pastoralnej w Wyższym Seminarium Duchownym Archidiecezji Katowickiej w 1978 r.; następnie od 1980 r. w Seminarium Duchownym Archidiecezji Krakowskiej i innych krakowskich seminariach duchownych.

O poparcie utworzenia w Polsce ośrodków bioetycznych ks. prof. Szczygieł zabiegał w Watykanie, w Komisjach Episkopatu Polski, u metropolity krakowskiego ks. kard. Franciszka Macharskiego i w różnych organizacjach medycznych. Powstały w roku akademickim 1987/1988 pod jego kierownictwem Międzywydziałowy Instytut Bioetyki był aż do momentu utworzenia Centrum Ekologii Człowieka i Bioetyki Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego pod koniec lat dziewięćdziesiątych XX w., jedynym, samodzielnym ośrodkiem bioetycznym w Polsce.

Od 1985 r., po nominacji ks. K. Szczygła na Konsulatora Papieskiej Rady ds. Służby Zdrowia w Watykanie, Instytut Bioetyki zaczął silniej związywać swoją myśl bioetyczną z nauczaniem Kościoła katolickiego oraz rozwijać kontakty międzynarodowe. Początkowo były to ośrodki bioetyczne w Rzymie, m.in. Centrum Bioetyczne Katolickiego Uniwersytetu Sacro Cuore, kierowane przez bpa Elio Sgreccię. Kontynuacją tej współpracy stało się przyjęcie w 2005 r. Międzywydziałowego Instytutu Bioetyki PAT do zrzeszającej kilkadziesiąt ośrodków bioetycznych z całego świata Międzynarodowej Federacji Centrów i Instytutów Bioetyki o Inspiracji Personalistycznej (FIBIP). Podjęte przez ks. prof. Szczygła w 1990 r. w USA studia i badania bioetyczne, zaowocowały współpracą MIB z amerykańskimi ośrodkami bioetycznymi: Catholic University of America, Washington, DC; University Medical Center for Health Care Ethics, St. Louis, Miss. oraz National Catholic Bioethical Center w Bostonie, gdzie ksiądz profesor został członkiem komitetu redakcyjnego „The National Catholic Bioethics Quarterly”. Wynikiem współpracy z ośrodkami zagranicznymi było również podejmowanie w nich studiów przez polskich bioetyków i wykładowców PAT.

W latach 2000–2010 stanowisko Dyrektora Międzywydziałowego Instytutu Bioetyki zajmował ks. prof. ówczesnej PAT dr hab. Tadeusz Biesaga SDB. Został on również kierownikiem Podyplomowych Studiów z Bioetyki MIB, które stały się kontynuacją przeprowadzanych wcześniej, w latach dziewięćdziesiątych, przez ks. prof. Szczygła serii wykładów i konwersatoriów z etyki lekarskiej dla lekarzy, pracowników służby zdrowia i zainteresowanych problematyką biomedyczną.

W roku 2010 dyrektorem Międzywydziałowego Instytutu Bioetyki został ks. prof. dr hab. Andrzej Muszala. Od 2020 r. dyrektorem MIB jest ks. prof. dr hab. Grzegorz Hołub.